根据2021年的新疆高校排名，以下是新疆维吾尔自治区内主要大学的排名情况：
新疆大学：全国排名第91名，位居新疆高校第一，是中国一流大学。
石河子大学：全国排名第119名，位居新疆高校第二，是区域一流大学。
新疆医科大学：全国排名第175名，位居新疆高校第三，是区域一流大学。
新疆农业大学：全国排名第184名，位居新疆高校第四，是区域一流大学。
新疆师范大学：全国排名第230名，位居新疆高校第五，是区域高水平大学。
塔里木大学：全国排名第263名，位居新疆高校第六，是区域高水平大学。
新疆财经大学：全国排名第284名，位居新疆高校第七，是区域一流大学。
新疆工程学院：全国排名第343名，位居新疆高校第八，是区域知名大学。
喀什大学：全国排名第371名，位居新疆高校第九，是区域知名大学。
伊犁师范大学：全国排名第400名，位居新疆高校第十，是区域知名大学。
其他高校如新疆艺术学院、昌吉学院、新疆警察学院等也位列其中，具体排名可以参考上述数据。
需要注意的是，不同排名机构（如校友会、软科等）的排名结果可能略有差异，但整体上新疆大学、石河子大学和新疆医科大学是新疆维吾尔自治区内排名前三的高校。
