根据最新的信息，以下是日本顶级的医药大学排名：

东京大学医学部：东京大学是日本乃至亚洲的最高学术殿堂，其医学部在癌症研究、免疫学、再生医学等领域处于国际领先地位，与哈佛大学、剑桥大学等知名医学院有合作研究和交流项目。

京都大学医学部：京都大学是日本历史最悠久的医学教育机构之一，尤其在iPS细胞疗法和脑神经科学领域取得了显著成就。2023年，京都大学启动了全球首例iPS细胞治疗帕金森病的临床试验。

庆应义塾大学医学部：作为私立大学中的顶尖名校，庆应义塾大学医学部在心血管疾病介入治疗和儿童医疗方面表现突出，其新生儿救治成功率在亚洲排名第一。

大阪大学医学部：大阪大学是日本西部最著名的医学教育机构之一，其肿瘤学和神经科学领域的研究成果显著。2023年，大阪大学的达芬奇手术机器人应用数量居全日本第一。

东京医科齿科大学：该校是日本最好的牙科大学，综合实力可与东京大学和京都大学媲美。其齿学部在口腔医学领域处于世界领先地位。

九州大学医学部：九州大学在癌症治疗、齿科和心脏介入治疗方面享有盛誉，其医学部在国际上也有很高的知名度。

东北大学医学部：东北大学医学部在国立大学中实力前列，尤其在重离子加速器治疗和骨科人工关节置换术方面表现突出。

顺天堂大学：顺天堂大学是日本一流的医科私立大学，其医学部在运动医学和心脏康复领域有显著成就。

日本医科大学：日本医科大学是日本历史最悠久的私立医科大学之一，其医学教育水平在医科大学中极为有名。

东京慈惠会医科大学：该校是日本私立大学历史最悠久的名门医学部之一，其医学部在泰晤士世界大学排名中位居前列。

这些大学在医学教育、科研实力和临床治疗方面均处于日本乃至世界的领先地位。