根据2025年的最新数据，哈尔滨市本科大学的排名如下：

哈尔滨工业大学 - 全国排名第9-14位，理工类，国家“985工程”“211工程”“双一流”建设高校，工科实力全国顶尖。

哈尔滨工程大学 - 全国排名第44-61位，理工类，“211工程”“双一流”高校，船舶与海洋工程、核科学与技术等学科全国领先。

东北林业大学 - 全国排名第96-114位，农林类，教育部直属“211工程”“双一流”高校，以林科为优势。

东北农业大学 - 全国排名第97-121位，农林类，“211工程”“双一流”高校，农业科学和食品科学领域突出。

黑龙江大学 - 全国排名第100-126位，综合类，省部共建高校，俄语语言文学为国家重点学科。

哈尔滨医科大学 - 全国排名第94-108位，医药类，省部共建医科强校，公共卫生与预防医学获评A-。

哈尔滨师范大学 - 全国排名第138-179位，师范类，黑龙江省师范教育龙头，教育学、汉语言文学等学科优势明显。

哈尔滨理工大学 - 全国排名第164-168位，理工类，省属重点大学，电气工程、机械设计制造等工科专业实力较强。

黑龙江中医药大学 - 全国排名第168-174位，医药类，中医药特色鲜明，中药学、针灸推拿学为国家级特色专业。

哈尔滨商业大学 - 全国排名第214-322位，财经类，东北地区财经类重点高校，工商管理、食品科学等学科为省级重点。

这些排名基于不同的评估体系，如校友会、ABC排名等，综合了学校的学科建设、科研成果及区域影响力等因素。