食品安全经营许可证的办理流程如下：申请人需要向所在地县级以上地方食品药品监督管理部门提交食品经营许可申请书等证明食品安全的规章制度材料。申请人在申请书等材料上签名或者盖章。县级以上地方食品药品监督管理部门会对申请人提出的食品经营许可申请进行处理。如果申请材料齐全、符合法定形式，或者申请人按照要求提交全部补正材料，那么应当受理食品经营许可申请。县级以上地方食品药品监督管理部门会根据申请材料审查和现场核查等情况，对符合条件的，作出准予经营许可的决定，并在作出决定后的10个工作日内向申请人颁发食品经营许可证；对不符合条件的，会及时作出不予许可的书面决定并说明理由，同时告知申请人依法享有申请行政复议或者提起行政诉讼的权利。在办理食品安全经营许可证时，需要先取得营业执照等合法主体资格。企业法人、合伙企业、个人独资企业、个体工商户等，以营业执照载明的主体作为申请人。

食品安全经营许可证的办理步骤如下：取得个体工商户营业执照。办理健康证和知识培训合格证。准备食品经营许可证申请表。准备法人身份证复印件、从业人员身份证复印件和健康证。制定食品安全管理制度。绘制店铺的平面图。提交缴纳税费单据证明，证实所使用的水是正规自来水公司提供的。把以上资料全部准备好后，去当地市场监督管理局提交。资料提交成功之后，市场监督管理局会安排人员来看场地。一般要求为：进货渠道方有相应的合规资质，店内卫生、使用原料和消毒柜要符合标准。检查合规之后一般15-20个工作日食品经营许可证就出来了，很多地方都会打电话通知去领取。食品安全经营许可证的办理部门为当地食品药品监督管理部门。