举报奖励根据举报证据与违法事实查证结果，分为三个等级。一级是指提供被举报方的详细违法事实、线索及直接证据，协助查处工作，举报内容与违法事实完全相符。二级是指提供被举报方的违法事实、线索及部分证据，不直接协助查处工作，举报内容与违法事实相符。三级是指提供被举报方的违法事实或线索，不能提供相关证据或协助查处工作，举报内容与查办事实基本相符。

根据举报案件的货值金额、等级以及案件性质等因素综合评定，属于一级举报奖励的，按案件货值金额的4%～6%给予奖励；按比例计算奖励金额不足500元的，按500元奖励。属于二级举报奖励的，按案件货值金额的2%～4%给予奖励；按比例计算奖励金额不足300元的，按300元奖励。属于三级举报奖励的，按案件货值金额的1%～2%给予奖励；按比例计算奖励金额不足100元的，按100元奖励。货值金额无法计算，但举报情况属实，可视情况给予100～2000元的奖励。

每起案件的奖励原则上不超过30万元。对在全国有较大影响的大案要案的举报，奖励数额可由省级食品药品监管部门或国家食品药品监管局视具体情况另定。

《办法》规定，省级以下（含省级）食品药品监管部门为举报奖励部门，按照属地管理、分级负责的原则，实施奖励的告知、受理、评定和发放等工作。所需奖励资金由地方财政部门纳入预算安排，食品药品监管部门要会同财政部门制定资金使用管理办法，加强管理，并接受审计、监察等部门的监督。各级食品药品监管部门应建立健全举报奖励档案。参与举报奖励工作的人员必须严格执行保密制度。举报人故意捏造事实诬告他人，或者弄虚作假骗取奖励，构成违法犯罪的，依法承担相应责任。食品药品监管部门工作人员在办理举报奖励过程中有玩忽职守、徇私舞弊行为，依法追究其行政责任；构成犯罪的，依法移送司法机关处理。

2003年11月27日国家食品药品监管局和财政部联合发布的《举报制售假劣药品有功人员奖励办法》同时废止。