一流高校和一流学科的区别主要变现为层次规格不同，创建目标不同，综合实力不同，录取分数不同。

1、层次规格不同。在层次上，一流大学高于一流学科大学;在数量上，一流学科大学多于一流大学。一流大学共计42所，囊括了原有的全部985大学，不过划分为A和B两类，其中A类36所，B类6所。一流学科大学共计95所，囊括原985以外的所有211大学，另有24所学科优势突出的大学入选。

2、创建目标不同。一流大学并非已经是世界一流大学，离世界一流大学尚有差距，目标和任务是创建世界一流大学。一流学科大学也并非现有的优势学科已经达到世界一流学科水平，目标和任务是创建世界一流学科。经过五年创建，是否达到目标还要通过国家评定。

3、综合实力不同。一流大学综合办学实力显著高于一流学科大学，其一流学科或者是优势学科、特色学科大大多于一流学科大学。当然这并非绝对的，个别一流学科大学的一流学科或优势学科、特色学科多于一流大学，但综合实力上的差距仍然是明显的。

4、录取分数不同。大学招生录取的分数与自身层次高低是相对应的，层次高录取分数就高。因此，一流大学的录取分数明显比一流学科大学录取分数高。但是也不是绝对的，有少部分一流学科大学的录取分数会高于一流大学的录取分数，如北京邮电大学、中国政法大学、中国传媒大学等一流学科大学录取分数普遍高于西北农林科技大学、中国海洋大学、湖南大学、郑州大学、新疆大学、云南大学等。这主要跟专业以及大学区位优势相关。

一流大学是面对新世纪建设具有国际竞争力的大学。它的所有学科都面对提高竞争力。一流学科是学校的某一学科建设具有竞争力的学科。