1942年建立的。
肯尼迪机场于1942年建立,它于1948年7月1日进行了第一次商业飞行;7月31日正式命名为纽约国际机场。1963年12月24日,为了纪念在1963年11月22日遇刺的约翰·F·肯尼迪总统,机场改名为“约翰·菲茨杰拉德·肯尼迪国际机场”,国际航空运输协会的机场代码被更新为JFK。在1998年时,肯尼迪机场开始建设轻轨机场捷运系统AirTrain JFK,于2003年12月17日开通,连接纽约地铁和长岛铁路。
2018年1月7日,由于一根主要的水管破裂,机场陷入混乱,第四航站楼被淹。