个人在办理个人所得税退税手续不会有影响的。当纳税人预缴的金额大于年度收入总额时也是可以办理退税手续的,纳税人超过应纳税额缴纳的税款,税务机关发现后应当立即退还。

法律依据

《税收征收管理法》第五十一条

纳税人超过应纳税额缴纳的税款,税务机关发现后应当立即退还;纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的,可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息,税务机关及时查实后应当立即退还;涉及从国库中退库的,依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。

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