公司发生纠纷一般自行处理。若双方不能自行处理,可以通过仲裁协议找约定的仲裁机关处理,或协商一致申请第三方依法进行调解,仍无法处理纠纷的,应当向法院起诉处理。
法律依据

《中华人民共和国民法典》第二百三十三条物权受到侵害的,权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。《民事案件案由规定》二十一 与公司有关的纠纷

262.股东资格确认纠纷263.股东名册记载纠纷264.请求变更公司登记纠纷265.股东出资纠纷

266.新增资本认购纠纷267.股东知情权纠纷268.请求公司收购股份纠纷269.股权转让纠纷270.公司决议纠纷
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