1、概念不同飞行员负责操纵飞机飞行；领航员负责飞机飞行的航线；对战机而言，领航员同时负责投弹瞄准。
2、工作领域不同飞机领航员是地面工作，飞行员是空中工作。飞机领航员是驾驶员的“指南针”,他为驾驶员提供准确的方向，以免飞机“迷路”。少了飞机领航员的导航，驾驶员就如同盲人一样失去了对方向的辨别。领航员特别需要工作细心负责，并且需要很强的判断能力和果断的决策能力。
3、工作内容不同飞行员负责的是飞机的分飞行；领航员是负责飞机的航线，确保飞机沿正确航线飞达目的地。
空中领航员（是老式飞机，即苏式5人制机组所配置的一个工种，包括有机长、副驾驶、机械、报务和领航员）。他和飞行员待遇略有差别，一般是低于飞行员〈机长）职位的。
现代飞机，如空客安装7台计算机，使用电传操作，所需数据由计算机给出，机组实行2人制已取消领航员职位。
空中领航员是很多年以前老式飞机上才有的工作人员，那时候领航员和飞行员的待遇差不多，在当时都是空勤待遇。但是随着新式飞机的出现，领航员，报务员和空中机械员都被淘汰了。在淘汰的过程中，待遇也自然下降了，比飞行员要少很多。
飞行员在飞行过程中是机长 ，而领航员只是飞行人员 ，所以两者是有区别的 ，机长的待遇肯定比一般的飞行员要高一个档次 。
