新个税下两份工资应当分别将两份工资进行核实后,由个人申报,不可以由一方单位代理合并申报纳税。以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额。
法律依据

《中华人民共和国个人所得税法》第二条下列各项个人所得,应当缴纳个人所得税:

(一)工资、薪金所得; (二)劳务报酬所得; (三)稿酬所得; (四)特许权使用费所得;

(五)经营所得; (六)利息、股息、红利所得; (七)财产租赁所得; (八)财产转让所得; (九)偶然所得。居民个人取得前款第一项至第四项所得(以下称综合所得),按纳税年度合并计算个人所得税;非居民个人取得前款第一项至第四项所得,按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得,依照本法规定分别计算个人所得税。
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